控制单元水质目标管理以水质改善和污染负荷控制为核心，在“流域－控制单元－污染源”水环境管理层次体系中，立足于控制单元、面向污染源的污染物容量总量分配技术体系，是我国开展污染物总量控制的科学依据，为推进目标总量向容量总量、总量控制向水质控制提供技术支撑。控制单元水质目标管理技术体系包括多要素耦合的控制单元划分技术、不同类型控制单元非点源污染负荷核定技术、基于风险控制的设计水文条件选择和水质目标核定技术、控制单元水环境问题诊断技术、控制单元允许纳污量计算和污染源总量分配技术，以及控制单元水质目标管理监控及实施效果评估技术等关键技术，形成整装成套技术体系，为提升我国水污染控制精细化、科学化水平提供技术支撑。该技术成果已完成技术规范建议稿4项，完成软件著作权2项，申请专利2项，发表文章40余篇。水质目标管理技术已分别在辽河流域15个控制单元、太湖流域38个控制单元、赣江流域13个控制单元开展了水质目标管理技术示范，在控制单元污染负荷和环境容量核算的基础上完成了控制单元污染负荷分配，制定了污染物削减优化方案，提出了各控制单元的水环境管理指导建议，形成了《水质目标管理指导手册》。