本项目属于植物保护学科领域。目前国际上70%的生物农药和生物肥料均含有木霉菌成分，已成为农业生产中减少或替代化学农药和化肥使用，构筑绿色生产体系的核心资源。研究表明，木霉菌不仅能通过其生物防治功能替代或减少化学农药和化肥的使用，同时还兼有修复农化物质污染土壤的功能。然而长期以来，关于木霉菌生防资源筛选和评价技术、高孢子含量菌剂创制和规模化生产技术、分生孢子保护技术、生防作用机理等方面研究明显滞后，极大地限制了木霉菌生物防治技术的发展。本项目在国家863等项目支持下，通过生物技术和工程技术创新与集成，攻克了上述难题，取得如下创新成果：
1、建立了木霉菌资源鉴定和拮抗性筛选与评价技术。木霉菌形态与分子鉴定自动检索系统，填补国际空白,在全国生态区分离的8751个木霉菌株中，鉴定37种，发现新种1个;首次建立了基于病菌存活率和细胞壁降解酶活性的生防木霉菌快速筛选法和综合评价模式，获拮抗菌株905个，其中11株产业化应用；建立了分子对接技术预测拮抗性次生代谢物新方法。
2、挖掘和利用木霉菌基因新功能。通过突变株构建，克隆了13种基因，发现了诱抗激发子和受体新基因；明确了木霉菌耐受、降解3种有机磷农药、3种三唑类杀菌剂、3种除草剂和吸附2种重金属等新功能；首次构建木霉菌杀虫防病双功能或双价工程菌。
3、高孢子含量菌剂创制和延长货架期新技术。建立旋风分离、水洗法等富集孢子新技术，母药孢子含量达700亿/g；通过固体制曲灭菌、培养自动控制等技术集成的规模化固体发酵技术，提高效率150-200%，成本降低30%。首次完成木霉菌素母体结构官能团改造，获得系列衍生物。建立了液体发酵及后期补料高效生产厚垣孢子技术。分生孢子保护及微胶囊化新技术使产品货架期达到12个月以上。开发出18种木霉菌产品和21种组合使用技术。
4、揭示木霉菌生物防治和耐受或降解农化物质新机理。首次明确木霉菌诱导植物系统免疫符合MAMPs/DAMPs模式，发现木霉菌对土壤微生态系统调控作用是防治玉米和蔬菜土传病害重要机理。揭示了木霉菌耐受或降解有机磷农药和井冈霉素、吸附重金属、解除土壤盐渍化胁迫机理。
本项目获国家发明专利26项、软件著作权1项、农药登记证9项、微生物肥料登记证3项；发表SCI论文36篇，国内核心期刊153篇，共引用1127次。出版中文专著2部，英文专著2部(参编)。上海大井生物工程有限公司和山东泰诺药业有限公司利用上述新技术提升了生防菌剂产品质量，新增产值8280万元，新增利润5292万元(直接经济效益)。近三年在全国大面积推广木霉菌生物防治技术2050万亩，防效60%-96%，增产9-20%、土壤盐渍化和重金属超标污染降低30-40%、化学农药和化肥分别减量30%以上，新增产值93.2亿元，新增利润46.88亿元(间接经济效益)。本项目引领了我国利用木霉菌资源生物防治植物病害发展方向，取得了显著的经济和生态效益。